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藍海靈豚醫療器械管理軟件的系統功能可覆蓋醫療器械質量控制的全過程（包括采購、收貨與驗收、入庫、貯存與檢查、銷售、出庫與運輸、人員培訓、設備設施、售后服務管理等）準確的記錄醫療器械購進、銷售、庫存情況，為實現醫療器械質量追溯提供信息化支撐。
商品管理：系統提供完備的商品信息檔案管理，包括產品編碼、名稱、規格、型號、批準文號/注冊證號/備案憑證號及有效期、條形碼等；支持商品圖片上傳；支持植入性醫療器械的序列號管理；支持雙注冊證管理；耗材版支持自動掃碼識別、批量出入庫；提供商品庫存上下限設置與預警；提供近效期商品、資質將到期商品的預警提醒，對資質過期及超過有效期的產品進行自動鎖定，不能采購或銷售。
采購管理：采購管理對供貨者及采購商品進行營審批，支持供貨者資質掃描件的上傳與管理功能，審批通過后方可進行采購業務操作。支持采購合同制定。采購時可引用采購合同，對合同執行情況進行跟蹤管理；提供采購收貨與驗收流程，對到貨商品進行質量查驗，合格后方可入庫，不合格時轉拒收、退貨流程。系統可以自動生成購進記錄、收貨記錄與驗收記錄。支持采購付款管理。提供采購退貨流程。耗材版提供掃碼自動識別入庫功能，減輕錄入工作壓力，提高哦準確率。
銷售管理：銷售管理對購貨方進行營審批，對銷售員銷售的商品進行侵權。支持銷售合同制定。銷售時可引用銷售合同，對合同執行情況進行跟蹤管理；提供銷售苦楚復核流程及銷售退回流程管理。支持銷售收款管理。耗材專版提供掃碼自動識別出庫功能，減輕錄入工作壓力，提高準確率。
庫存管理：庫存管理對采購入庫、其他入庫、銷售出庫、其他出庫、倉庫調撥及倉庫盤點進行管理。耗材版提供預出庫功能，既可以先將產品借貨調出至目標購貨者倉庫，然后對使用的產品做銷售出庫處理，對剩余產品做借貨歸還處理。軟件啟用時可以導入期初庫存商品及庫存量，倉單與銷售單審核后自動生成采購入庫單與銷售出庫單。提供庫存上下限預警功能。在出入庫記賬及月結操作后可自動結轉成本。
質量管理：根據國家藥監局相關文件要求，形成相應的質量管理記錄與表單，提供質量職責、質量管理制度與質量工作程序文件模板，供企業結合自身情況進行修改完善。
賬表查詢：包括采購賬表、銷售賬表、存貨賬表三大類。對采購、銷售與庫存的明細賬及匯總數據進行綜合查詢和分析。隨時掌握產品的采購與銷售情況、應收款與應付款情況、存貨情況等等。
系統管理：對軟件系統的操作員的角色和權限進行管理，確保相應崗位人員在權限范圍內進行軟件操作；可以對套賬進行備份與引入。
自動備份：可以對軟件數據庫進行自動備份設置，設置備份周期與備份套賬名稱、備份文件保存位置等，減少人工備份工作量或差錯發生的幾率，大限度的幫助用戶降低數據丟失的可能性。
變更日志：系統對軟件中質量相關的數據變化均進行記錄，在變更日子中可以查看到變更前與變更后的內容及操作時間、操作員等信息，實現對軟件數據變化的跟蹤與追溯。
溫濕度監控：通過無線溫濕度監測儀器在冷庫中實時不斷地監測溫濕度數據，并采用移動傳輸技術，將數據傳到平臺上去，然后在軟件對應的記錄中可以點擊鏈接對這些數據進行查詢。
財務接口：標準版以上版本可以與藍海靈豚財務管理軟件無縫鏈接，自動生成進銷存業務憑證傳遞至財務管理軟件系統中。
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